Infekcja HIV powiązana z zastrzykiem oksymorfonu w Indianie, 2014-2015 ad 5

Zakorzenienie drzewa przeprowadzono za pomocą referencyjnych sekwencji M i C podtypu HIV-1 grupy M. Wartości ufności dla modelu rozgałęzienia oceniano za pomocą testu Shimodaira-Hasegawa i podano jako prawdopodobieństwa po lewej stronie każdego rozgałęzionego węzła. Jednostka paska skali 0,02 (linia ciągła u dołu) to liczba podstawień nukleotydów na miejsce nukleotydów. Analiza filogenetyczna zidentyfikowała 157 sekwencji, które utworzyły klaster (klaster 1, wypełniony czerwonym trójkątem otwierającym się do pudełka po prawej), które było wysoce powiązane (średnia tożsamość nukleotydów, 99,7%). Żadna sekwencja referencyjna Indiany lub GenBank nie była ściśle powiązana z klastrem 1. Analiza molekularna genu pol HIV-1 u 159 pacjentów, którzy mieli dostępne próbki krwi ujawniła dwa skupienia zakażenia HIV-1 podtypem B: grupa zawierała 157 sekwencji (98,7%), a grupa 2 zawierała 2 sekwencje (Figura 2). Podgrupa 48 sekwencji o 100% identyczności nukleotydów została znaleziona w gronie 1. Dwóch pacjentów z przypadkami, którzy mieli sekwencje w grupie 2, nie zgłosili żadnego zastosowania leku iniekcyjnego i nie byli również powiązani epidemiologicznie z pacjentami, którzy mieli sekwencje w klastrze 1. Odniesienie sekwencje uzyskane z pobliskich okręgów w Indianie i te, które zostały zidentyfikowane w przeszukiwaniu bazy danych GenBank, nie były ściśle związane z sekwencjami w pierwszym skupisku, co jest zgodne z ogniskiem ograniczonym do hrabstwa Scott. Żadne główne genotypowe mutacje, które powodują lekooporność, nie zostały wykryte w żadnej sekwencji. Spośród 125 pacjentów, którzy mieli próbki krwi dostępne do testów na ponowne skorzystanie, 113 (90,4%) miało infekcje, które zostały sklasyfikowane jako niedawne (zdefiniowane jako zakażenie w poprzednich 221 dniach). Spośród 113 pacjentów, którzy mieli wykrywalne poziomy przeciwciał przeciw HCV i mieli próbki krwi dostępne do badań molekularnych HCV, 76 (67,3%) miało wykrywalne poziomy HCV RNA zgodne z aktywnym zakażeniem HCV. Genotypowanie przeprowadzono na sekwencjach znalezionych w 67 z 76 próbek krwi, a wyniki pokazały, że najczęstszym genotypem był genotyp 1a (50 sekwencji, które zawierały unikalny klaster 28 sekwencji i dodatkowe 22 sekwencje, które nie grupowały), następnie genotyp 3a (14 sekwencji, z których wszystkie tworzyły pojedynczy skupiony filogenetycznie) i genotyp 2b (3 sekwencje, które nie tworzą skupisk).
Skontaktuj się z śledzeniem śledztwa
Rysunek 3. Rysunek 3. Sieć osób z nowo rozpoznaną infekcją HIV ze strzykawki. Ta ilustracja przedstawia sieć 181 pacjentów w południowo-wschodniej Indianie, którzy otrzymali nową diagnozę zakażenia HIV między 18 listopada 2014 r. A listopada 2015 r .; sieć opiera się na dzieleniu strzykawek i partnerach seksualnych pacjentów z przypadkami w momencie rozpoznania HIV. Sieć składa się z 536 unikatowych osób i 1058 unikalnych połączeń: 841 kontaktów w tej sieci (79,5%) było kontaktami do strzykawek, 81 (7,7%) było jedynie kontaktami seksualnymi, a 136 (12,8%) dzielono się strzykawkami i seksualnymi Łączność. Zgłoszone kontakty są reprezentowane przez kolorowe kółka odzwierciedlające status HIV, a rozmiary okręgów są proporcjonalne do liczby połączeń, z większymi okręgami wskazującymi więcej połączeń (zakres liczby połączeń, od do 56)
[podobne: rumień brzeżny, laryngolog ostrołęka, przeglądarka skierowań do sanatorium nfz ]

Powiązane tematy z artykułem: laryngolog ostrołęka przeglądarka skierowań do sanatorium nfz rumień brzeżny